В ограде Никольского храма с восточной стороны находится небольшой некрополь. Здесь похоронены православные священнослужители и известные русские генералы. Сохранилось уникальное описание некрополя, сделанное В.И. Чернопятовым – известным русским археографом, изданное в 1913 году. По данным, приведенным в книге пятигорского издательства «СНЕГ» «Архитектура старых Ессентуков» (С.В. Боглачев и Э.А. Жатькова), там были могилы заштатного священника Енотаевского собора (Астраханской губернии) Иоанна Феодоровича Лебедева (1825–1887) (сохранилось место захоронения и памятник), священника ставропольского села Удельного Александра Ивановича Димитриева (1831–1887), ключаря псковского Свято-Троицкого кафедрального собора протоиерея Симеона Попова (1832–1887). Сохранился памятник на могиле настоятеля петербургского Адмиралтейского собора протоиерея Доримедонта Петровича Поповицкого (1838–1896). Рядом находится могила настоятеля храма начала XX в. (с 1904?– 1911 гг.) протоиерея Алексия Богоявленского (1869–1912) и его матушки Лидии Павловны (1870–1926). Также были похоронены здесь священники храма святителя Николая и Пантелеимоновской церкви: Михаил Иоаннович Кадатский (1821–1907), настоятель храма святителя Николая до начала ХХ века Димитрий Яковлевич Макаров-Карагачев (1829–1907), священник Владимир Павлович Соболев ( ?–1910). У стен храма был похоронен генерал-майор Феодул Филиппович Федюшкин (1818–1881), герой Кавказской войны, собиратель архивных документов и преданий по истории казачества. Он был участником многих сражений Кавказской войны, отличился во время боя на реке Валерик (1840), что было отражено в стихотворении М.Ю. Лермонтова. Ф.Ф. Федюшкин был атаманом первого (Пятигорского отдела) Терского войска с 1872 года. В Русском музее в Санкт-Петербурге хранится портрет казака Федюшкина, написанный князем Григорием Гагариным в 1842 году в станице Червлённой. Здесь же находится захоронение его жены Евдокии Евпловны (1838–1911) и их сына Александра Феодуловича (1863–1881). Рядом находится захоронение генерал-лейтенанта Евпла Филипповича Семенкина (1817–1895). Друг и зять Ф. Федюшкина (одна из дочерей Семенкина – Евдокия Евпловна, похороненная здесь, была замужем за Ф. Федюшкиным). Семенкин был героем Кавказской войны, основателем станиц Зеленчукской, Кардоникской и Преградной. Во время Кавказской войны числился в Гребенском полку Кавказского линейного казачьего войска. Участвовал в сражении при реке Валерик вместе с Феодулом Филиповичем Федюшкиным. Рядом находится могила жены генерала – Семенкиной Харитины Ефимовны (1816–1897).
На этом кладбище также были захоронения генерал-майора Василия Васильевича Кукурана (1851–1908), генерала от артиллерии Владимира Николаевича фон Завадского (1851–1909), генерала от артиллерии, начальника Кавказского военного округа Николая Лаврентьевича Решетина (1842–1914). Выйдя в отставку, он проживал в Ессентуках, принимал активное участие в жизни города. Всего сохранилось более 20 захоронений. Из поздних захоронений со стороны алтаря храма находятся могилы митрофорного протоиерея Илии Гавриловича Воронина (1924–2004) и настоятеля храма протоиерея Павла Ильича Агеева (1960–2021) К сожалению, некрополь очень сильно пострадал от разрушений. Кресты с надгробий генерала Федюшкина и Семенкина, их родных были сбиты, остались только постаменты. Неповрежденным сохранился лишь памятник над могилой жены Семенкина – Харитины Ефимовны. Он отличается лаконичностью и четкостью пропорций. Основанием для креста служит цилиндрический постамент, в нижней части которого можно прочитать клеймо известной мастерской по изготовлению надгробий и резных мраморных иконостасов. Эта мастерская существовала в Ростове-на-Дону в конце XIX века. Она была самой известной на Юге России. Основана итальянским мастером резьбы по камню, потомственным каменотесом Сильвестро Антонио Тонито. Его имя можно прочитать на постаментах памятников генерала Семенкина и его жены. Оба памятника были выполнены из белого мрамора. На территории некрополя есть сохранившиеся неизвестные захоронения, также нуждающиеся в исследовании и реставрации. Возможно, на этом кладбище был похоронен отец Иоанн Рябухин (1856–1918), настоятель храма святителя Николая с 1911 по 1918 гг. О нем есть воспоминания Марии Зерновой (дочери доктора М.С. Зернова), которая в начале 1918 года посещала храм: «В переполненном храме большой хор пел сильными, но безыскусными голосами. Церковные напевы были старинными. Иногда вся церковь пела мощно и захватывающе. Настоятель храма, отец Иоанн Рябухин, служил уставно, так же отчетливо читалась Псалтырь. Народ молился чинно, налагая на себя широкое знамение креста и низко кланяясь в пояс. Стихия народного благочестия увлекла меня. Обычно в церкви меня сопровождала моя подруга Татьяна Михайловна Толстая, внучка графа писателя Л.Н. Толстого». В сентябре 1918 года о. Иоанн был арестован и приговорен к смертной казни. Первоначально он был похоронен на Пятигорском городском кладбище, затем, возможно, на территории некрополя, но в настоящее время могила утрачена. Залог сохранения духовных ценностей – преемственность поколений и традиций. Храм святителя Николая, где никогда не прерывалось богослужение, долгое время окормляли выдающиеся духовные пастыри, также похороненные с алтарной стороны храма. Это митрофорный протоиерей Илья Гаврилович Воронин (1924–2004). Один из выдающихся старейших священнослужителей Ставропольской Епархии, он был ветераном Великой Отечественной войны, поэтом. Посвятивший 55 лет пастырскому служению в разных городах – в Баку, Грозном, Кисловодске и Ессентуках, обладавший редким даром проповедничества, отец Илия во многом способствовал возрождению казачества в регионе Кавказских Минеральных Вод. Отец Илия был рукоположен в 1950 году во пресвитера в храме Николая Чудотворца, с 1986 по 1995 года был его настоятелем. При жизни он просил похоронить его на территории храма. На территории некрополя также находится захоронение митрофорного протоиерея Павла Ильича Агеева (1960–2021), который на протяжении 16 лет был настоятелем Никольского храма.